DNA fragments assembly programs: a comparative study. / Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo.

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2000

RESUMO

Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramente executamos esses sistemas de montagem sobre 12 casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizados avaliam a eficiências dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no sequenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais no tratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial.Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo.

ASSUNTO(S)

fragments assembly programs montagem de fragmentos computacional biology dna biologia computacional

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