Computacional Biology
Mostrando 1-12 de 25 artigos, teses e dissertações.
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1. From Medicinal Chemistry to Human Health: Current Approaches to Drug Discovery for Cancer and Neglected Tropical Diseases
ABSTRACT Scientific and technological breakthroughs have compelled the current players in drug discovery to increasingly incorporate knowledge-based approaches. This evolving paradigm, which has its roots attached to the recent advances in medicinal chemistry, molecular and structural biology, has unprecedentedly demanded the development of up-to-date comput
An. Acad. Bras. Ciênc.. Publicado em: 15/02/2018
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2. Genoma comparison problems / Problemas de comparação de genomas
Esta tese aborda três aspectos da comparação entre genomas: primeiro, eventos de transposição; segundo, eventos de reversão e de reversão quase-simétrica; terceiro, estudo da distância entre genomas sem ligação com algum tipo específico de rearranjo. O estudo do primeiro aspecto, eventos de transposição, permitiu a criação de um novo algoritm
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 08/02/2012
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3. Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas / Development of an algorithm to identify and characterize cavities in specific regions of three-dimensional structures of proteins.
The identification and characterization of geometrical and physical-chemical properties in protein vacant spaces aggregates important information for steering rational drug designing and functional characterization of binding and catalytic sites. Therefore, several softwares have been develop during the past two decades in order to perform such characterizat
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 25/05/2011
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4. Identificação de genes por comparação de DNAs
O Problema da Identicação de Genes consiste na busca pelas regiões codicantes presentes em uma sequência de DNA. Uma das formas de abordar esse problema é através da comparação entre sequencias de DNA próximas evolutivamente. Neste trabalho realizamos um estudo detalhado do problema neste contexto comparativo, propondo uma formulação matemática p
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 15/12/2010
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5. Enumeração de traces e identificação de breakpoints : estudo de aspectos da evolução / Enumeration of traces and breakpoint identification : study of evolutionary aspects
O estudo de rearranjo de genomas tem o objetivo de auxiliar o entendimento da evolução. Através da análise dos eventos de mutação como inversões, transposições, fissões, fusões, entre outros, buscamos compreender as suas influências sobre o fenômeno da diferenciação das espécies. Dentro deste contexto, esta tese ataca dois temas distintos: a
Publicado em: 2010
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6. CelOWS: UM FRAMEWORK BASEADO EM ONTOLOGIAS COM SERVIÇOS WEB PARA MODELAGEM CONCEITUAL EM BIOLOGIA SISTÊMICA / CelOWS: an ontology-driven framework using web services for conceptual modeling in Systems Biology
O advento das tecnologias de alta-performance ocasionou um crescimento exponencial do volume de dados gerado pelas pesquisas em Ciências Biológicas. O desenvolvimento contínuo de ferramentas, métodos e técnicas têm ampliado o entendimento das várias funções, estruturas e processos relacionados à biofísica e fisiologia. O aumento do poder computaci
Publicado em: 2008
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7. SimAffling um ambiente computacional para suporte e simulação do processo de DNA shuffling
The Molecular Evolution of the living organisms is a slow process that occurs over the years producing mutations and recombinations at the genetic material, i.e. at the DNA. The mutations can occur as nucleotide remotion, insertion and/or substitution at the DNA chain. The Directed Molecular Evolution is an in vitro process that tries to improve biological f
Publicado em: 2008
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8. Algoritmos genéticos para predição ab initio de estrutura de proteínas / Genetic algorithms for AB INITIO protein structure prediction
Métodos de predição ab initio de estrutura de proteínas (PSP) buscam prever, baseando-se em primeiros princípios, a estrutura tridimensional que uma dada seqüência de aminoácidos irá adotar no espaço. Os métodos de predição ab initio atualmente possuem aplicações biotecnológicas que envolvem desde a criação de novas proteínas, o auxílio n
Publicado em: 2008
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9. Computational methods applied to the genomes of the mycobacteria and trypanosomatids: of the assembly to the notation. / Abordagens computacionais aplicadas aos genomas de micobactérias e Trypanossomatídeos : da montagem à anotação.
Esta dissertação trata do desenvolvimento de novas abordagens e ferramentas computacionais focadas nas seguintes aplicações: aperfeiçoamento do fluxo de informação de Plataformas Tecnológicas de Seqüenciamento e de Bioinformática; montagem de seqüências em projetos genomas; detecção de seqüências repetitivas; análise comparativa e anotação
Publicado em: 2008
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10. Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional integrado / Statistical methods for cDNA microarray data analysis in an integrated computational environment
Análise de expressão gênica em larga escala é de fundamental importância para a biologia molecular atual pois possibilita a medida dos níveis de expressão de milhares de genes simultaneamente, o que torna viável a realização de trabalhos voltados para biologia de sistemas (systems biology). Dentre as principais técnicas experimentais disponíveis
Publicado em: 2007
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11. Comparação algebrica de genomas : o caso da distancia de reversão / Algebraic genome comparison : the case of reversal distance
In the last decades we have seen a great progress in molecular biology. That lead to a large volume of data on molecules, DNA and proteins, essential for life.The current stage of research lies in the pursuit of tools to extract information with biological relevance from this data. In this context, comparison of genomes is an important tool and genome rearra
Publicado em: 2007
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12. A rearrangement-based approach to compare whole genomes of Vibrionacea strains / Comparação de genomas completos de especies da familia Vibrionacea empregando rearranjo de genomas
A evolução das técnicas de seqüenciamento tornou possível a obtenção de uma enorme quantidade de dados genômicos. O desafio atual é analisar esses dados e construir novos conhecimentos a partir deles. Neste contexto, um problema importante e ainda em aberto é a criação de métodos de análise taxonômica de genomas completos. Especialmente para o
Publicado em: 2007