Computational methods applied to the genomes of the mycobacteria and trypanosomatids: of the assembly to the notation. / Abordagens computacionais aplicadas aos genomas de micobactérias e Trypanossomatídeos : da montagem à anotação.

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2008

RESUMO

Esta dissertação trata do desenvolvimento de novas abordagens e ferramentas computacionais focadas nas seguintes aplicações: aperfeiçoamento do fluxo de informação de Plataformas Tecnológicas de Seqüenciamento e de Bioinformática; montagem de seqüências em projetos genomas; detecção de seqüências repetitivas; análise comparativa e anotação de genomas. A maioria das ferramentas foram desenvolvidas e/ou aplicadas no projeto genoma do Mycobacterium bovis cepa BCG Moreau-RJ, que foi seqüenciado, montado e anotado em nosso laboratório. Uma parte dos resultados deste projeto genoma foi utilizada no desenvolvimento de ferramentas de identificação e controle de qualidade que possam ser utilizadas na manutenção e produção da vacina BCG Moreau-RJ, e foram objetos de um depósito de patente, no âmbito nacional e internacional. Além disto, vários sistemas independentes, porém complementares, foram desenvolvidos para a análise de genomas em geral, os quais permitem uma série de aplicações na interface in silico in vitro. (1) ReRep (Read Repeat Finder) é um sistema que detecta seqüências repetitivas em um conjunto de dados oriundos de seqüenciamento aleatório (GSS), visando a caracterização de repetições e permitindo um auxílio na montagem de seqüências genômicas, tendo sido aplicado em um conjunto de GSS com cobertura de 1,4 % do genoma de Leishmania braziliensis. (2) AnEnPi (Analogous Enzyme Pipeline), composto por um banco de dados de enzimas para a anotação de vias metabólicas e detecção de possíveis alvos terapêuticos, com várias possibilidades de comparação e geração de mapas metabólicas, aplicado em L. major e Trypanosoma cruzi. (3) Conjunto de ferramentas para assistir a montagem e a anotação do genoma BCG Moreau-RJ: páginas web do projeto, incluindo monitoramento de estatísticas de montagem e visualização do mapeamento das leituras contra o genoma do Mycobacterium bovis; fluxo de montagem para o projeto; dois programas utilizados na finalização da montagem, para caracterização de gaps (GFK Gap-Find-Kill) e PCR in silico; uma ferramenta para anotar um genoma alvo com um genoma de referência; abordagens e o programa AceSNPFinder para encontrar inserções, deleções, inversões, rearranjos, trocas, duplicações e polimorfismos para comparar o genoma do BCG Moreau-RJ com outras cepas de BCG e M. tuberculosis, e comparação de genomas em geral; (4) Implementação das plataformas: Genoma - Seqüenciamento de DNA e de Bioinformática, ambas vinculadas ao Programa de Desenvolvimento Tecnológico em Insumos para Saúde (PDTIS).

ASSUNTO(S)

genoma bacteriano estudos de casos e controles genome case-control studies genome bacterial genoma genômica biologia computacional biofisica molecular bcg vaccine computational biology vacina bcg genomics

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