Simulacoes De Dinamica Molecular
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13. Análise computacional da interação entre novas bases de tröger fluorescentes e o oligonucleotídeo(B-DNA) via docking e dinâmica molecular.
Nesse trabalho, o docking e a dinâmica molecular foram utilizados como métodos de investigação das formas de interação entre um oligonucleotídeo de B-DNA e duas novas Bases de Tröger fluorescentes, com o propósito de verificar sua potencialidade como sondas biológicas. Para o docking molecular foi utilizado o protocolo descrito por Ricci et. al. (2
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 2012
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14. Modelagem molecular, síntese e avaliação da atividade biológica de potenciais antineoplásicos com a proteína hnRNP K e culturas de células tumorais / Molecular modeling, synthesis and biological evaluation of potential antineoplastics with hnRNP K and tumoral cell lines
A proteína hnRNP K é conhecida por seu papel nos múltiplos processos que compõe a expressão gênica, incluindo funções nos estágios de splicing, transcrição e tradução, desempenhadas, principalmente, através da ligação de seus domínios KH a nucleotídeos. A ativação inadequada da hnRNP K tem relação direta com a gênese de alguns tipos de
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 23/09/2011
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15. Adenina fosforibosiltransferase de Schistosoma mansoni: proposta de detalhamento do mecanismo catalítico por dinâmica molecular / Adenine phosphoribosyltransferase from Schistosoma mansoni: insights into the catalytic mechanism via molecular dynamics
A Adenina Fosforibosiltransferase (APRT E.C. 2.4.2.7) pertence à família de enzimas Fosforibosil Transferases (PRTase) do Tipo I , que catalisa a conversão reversível de Adenina e 5-fosfo-α-D-ribose-1-difosfato (PRPP) em difosfato e adenosina monofosfato, um importante precursor energético da célula. A APRT integra a via de salvação de purinas,
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 12/08/2011
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16. Dinâmica molecular de zeólitos com matriz flexível / Molecular dynamics of zeolites with flexible framework
Zeólitos são aluminossilicatos cuja estrutura consiste em tetraedros TO4 (com T=Si,Al) que compartilham todos os seus vértices com os tetraedros vizinhos, formando uma rede tridimensional altamente porosa e de baixa densidade. A substituição de Si por Al na matriz zeolítica leva à formação de uma carga total negativa, contrabalanceada pela presença
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 21/02/2011
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17. Purification, characterization and structural determination of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase produced by Moniliophthora perniciosa
A enzima UDP-N-acetilglicosamina pirofosforilase de Moniliophthora perniciosa (CCMB 0257), o fungo patogênico causador da doença vassoura-de-bruxa do Theobroma cacao, foi parcialmente purificada por precipitação com sulfato de amônio e cromatografia de gel filtração em Sephacryl S-200. O tampão de extração da enzima foi o fosfato de sódio, 0,050 m
Journal of the Brazilian Chemical Society. Publicado em: 2011-06
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18. Molecular dynamics simulations and QM/MM studies of the reactivation by 2-PAM of tabun inhibited human acethylcolinesterase
A elucidação das rotas de reativação da acetilcolinesterase humana (HuAChE) inibida por organofosforados é de crucial importância para o desenvolvimento de antídotos eficientes contra a intoxicação causada por agentes de guerra química. Com o objetivo de contribuir para uma melhor compreensão do mecanismo de reativação, foram aplicadas neste tra
Journal of the Brazilian Chemical Society. Publicado em: 2011-01
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19. Seleção eficiente de conformações de receptor flexível em simulações de docagem molecular
O desenvolvimento de fármacos é um dos grandes desafios da ciência atual por se tratar de um processo onde os custos e o tempo envolvido são elevados. Um dos problemas mais interessantes nessa área é a predição da conformação e da energia envolvida na interação entre ligantes e suas proteínas-alvo ou receptores. É nos experimentos de docagem mo
Publicado em: 2011
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20. Estudo de potencial de duas escalas como modelo efetivo para a água
Utilizando simulações de dinâmica molecular, estudamos um sistema de partículas que interage através de um potencial contínuo de caroço atenuado constituído por um caroço duro, um ombro a distancias mais próximas e um parte atrativa a uma distância bem maior. Obtemos o diagrama de fases pressão-temperatura do sistema para diversas profundidades d
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 2011
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21. Caracterização estrutural e conformacional de prostaglandina endoperóxido sintases
Prostaglandina Endoperóxido Sintases (PGHSs) são enzimas homodiméricas integrais de membrana, N-glicosiladas, localizadas no lúmen do retículo endoplasmático, onde catalisam o primeiro passo na síntese de prostanóides, produzindo prostaglandina H2 a partir do ácido araquidônico (AA). Constituem-se, assim, em um dos principais alvos terapêuticos no
Publicado em: 2011
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22. Estudos in silico da interação da enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis com pequenas moléculas do tipo fármaco
O gene inhA de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) codifica a enzima enoil redutase, InhA, uma enzima chave no ciclo de alongamento de ácidos graxos tipo II e têm sido validada como um alvo efetivo para o desenvolvimento de agentes antimicrobianos. A InhA catalisa a redução NADH-dependente da ligação dupla trans entre as posições C2 e C3 de substratos d
Publicado em: 2011
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23. Estudo da interação grafeno-moleculas de água:: dopagem, defeitos, rehibridizações e novos materiais
Neste trabalho investigamos a interação de grafeno (mono e bicamada) com moléculas da água que normalmente são encontradas formando uma camada sobre o material.Em primeiro trabalho,estudamos a interação através de simulações de dinâmica molecular baseadas na Teoria do Funcional da Densidade (DFT).Mostramos que a camada de água é capaz de dopar o
Publicado em: 2011
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24. Efeito de solvente no espectro de absorção da 5-fluorouracil. Análise de diferentes procedimentos teóricos / Solvent Effect on the 5-fluorouracil absorption spectrum, Analysis od different theoretical procedures
A molécula 5-fluorouracil (5FU) é muito utilizada em tratamentos de câncer. Seu espectro de absorção é caracterizado por duas bandas de diferentes intensidades, as transições n-p* e p-p*, e seu estudo em diferentes solventes é de considerável importância para compreender a fotofísica do estado excitado. Este é o primeiro passo essencial para obt
Publicado em: 2011