Uma API de comunicação para aceleração por hardware de simuladores moleculares

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DATA DE PUBLICAÇÃO

2009

RESUMO

A evolução da tecnologia de fabricação de circuitos integrados continua obedecendo à lei de Moore. Entretanto, aplicações científicas cada vez mais necessitam de recursos de alto desempenho computacional, motivando pesquisadores a propor a aceleração por hardware dedicado para aumentar o desempenho destas aplicações. Freqüentemente, devido à necessidade de rapidez no projeto de tais aplicações, empregam-se técnicas de projeto com emprego de hardware reconfigurável. Atualmente, há um grande aumento em pesquisas de biofísica molecular com o objetivo principal na concepção de fármacos. Porém, para se chegar até a droga e a possível cura de alguma doença, diversos procedimentos devem ser empreendidos. Como exemplos podem ser citados experimentos para determinar o comportamento de moléculas simples ou de proteínas. As simulações por dinâmica molecular aportam uma variedade de informações do sistema molecular em questão. Entretanto, para se executar estas simulações é necessário o auxílio de recursos computacionais de alto desempenho, devido à elevada quantidade de cálculos a efetuar, à quantidade de informações geradas e à necessidade destas informações e resultados em períodos curtos de tempo, tornando a exigência por computação de alto desempenho uma característica básica desta área. Para suprir a exigência computacional de simulações por dinâmica molecular existem plataformas baseadas em FPGAs, que são largamente utilizadas como aceleradores de hardware de aplicações com alto custo computacional. FPGAs são amplamente disponíveis e permitem realizar rapidamente o projeto e a implementação de hardware com alto desempenho se comparado a software executando em processadores de propósito geral. A principal contribuição deste trabalho é uma proposta de método de comunicação entre uma máquina hospedeira e uma plataforma de hardware reconfigurável baseada em FPGAs, sugerindo uma arquitetura de software para integração das plataformas de software e o hardware usado para acelerar aplicações de simulação por dinâmica molecular. A proposta foi implementada como uma API para organização da comunicação entre as plataformas em níveis de abstração de serviço, visando tornar as camadas de software independentes do hardware.

ASSUNTO(S)

informÁtica sistemas digitais simulaÇÃo (programaÇÃo de computadores) arquitetura de computador software ciencia da computacao fpga

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