Uma abordagem alternativa para seqÃenciamento por hibridizaÃÃo

AUTOR(ES)

Ennio dos Santos Baptista

DATA DE PUBLICAÇÃO

2003

RESUMO

Uma questÃo central no emergente campo da Biologia Molecular Computacional diz respeito ao problema de seqÃenciamento de DNA. SeqÃenciar uma molÃcula de DNA significa determinar a ordem das suas bases componentes â adenina (A), citosina (C), guanina (G) e timina (T). Em vista do comprimento de tais molÃculas, muitas vezes da ordem de bilhÃes de bases, e das limitaÃÃes existentes nos processos laboratoriais, os quais sÃo capazes de manipular, no mÃximo, apenas 700 bases, esse se tornou um problema de natureza combinatorial e normalmente requer tÃcnicas matemÃticas e recursos computacionais para a sua soluÃÃo. Dentre os vÃrios mÃtodos de seqÃenciamento de DNA desenvolvidos nas Ãltimas dÃcadas, um que se tem mostrado particularmente promissor à o mÃtodo denominado SeqÃenciamento por HibridizaÃÃo (do inglÃs Sequencing by Hybridization â SBH), o qual se caracteriza por utilizar um chip de DNA para identificar o espectro da seqÃÃncia investigada, isto Ã, o conjunto de todas as subseqÃÃncias de um determinado tamanho que a compÃem; e por tentar seqÃenciÃ-la a partir das informaÃÃes nele contidas. Recentemente, Halperin et al. (2002) apresentou duas variantes para o SBH. A primeira à baseada em um algoritmo, denominado algoritmo A, projetado para lidar com os dados gerados pelo chip clÃssico de seqÃenciamento; e a segunda, mais abrangente, inclui um novo modelo de chip que conta com bases universais distribuÃdas randomicamente, e, para lidar com os dados provenientes dele, inclui tambÃm um outro algoritmo, denominado algoritmo B. Halperin et al. (2002) ainda sugeriu que a combinaÃÃo adequada de alguns aspectos positivos dessas abordagens talvez pudesse gerar resultados prÃticos melhores do que os obtidos com a soluÃÃo baseada apenas no algoritmo B. Este trabalho de pesquisa aponta os problemas de se implementar tal sugestÃo e, entÃo, propÃe uma abordagem alternativa que tende a superÃ-los, a qual mostrou-se ser mais geral, tendo, inclusive, a soluÃÃo baseada no algoritmo B como um caso particular. AlÃm disso, as simulaÃÃes realizadas evidenciaram que os demais casos conseguem alcanÃar melhor rendimento em termos do tamanho da seqÃÃncia que pode ser corretamente determinada, empregando chips de menor custo

ASSUNTO(S)

seqÃenciamento de dna sbh chip de dna sbh chip de seqÃenciamento bases universais engenharia eletrica sequencing by hybridization universal bases seqÃenciamento por hibridizaÃÃo dna sequencing dna chip sequencing chip

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