TÃcnicas para construÃÃo de Ãrvores filogenÃticas / Techniques for construction of phylogenetic trees

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2007

RESUMO

Ãrvores filogenÃticas sÃo estruturas que expressam a similaridade, ancestralidade e relacionamentos entre as espÃcies ou grupo de espÃcies. Conhecidas como Ãrvores evolucionÃrias ou simplesmente filogenias, as Ãrvores filogenÃticas possuem folhas que representam as espÃcies (tÃxons) e nÃs internos que correspondem aos seus ancestrais hipotÃticos. Neste trabalho, alÃm das informaÃÃes necessÃrias para o entendimento de toda a sistemÃtica filogenÃtica, sÃo apresentadas tÃcnicas algorÃtmicas para construÃÃo destas Ãrvores. Os conceitos bÃsicos de biologia molecular, evoluÃÃo da vida e classificaÃÃo biolÃgica, aqui descritos, permitem compreender o que à uma Filogenia e qual sua importÃncia para a Biologia. As informaÃÃes filogenÃticas fornecem,por exemplo, subsÃdios importantes para decisÃes relativas aos transplantes de ÃrgÃos ou tecidos de outras espÃcies para o homem e para que testes de reaÃÃo imunolÃgica ou de toxicidade sejam feitos antes em outros sistemas biolÃgicos similares ao ser humano. Resolver um Problema de Filogenia corresponde à construÃÃo de uma Ãrvore filogenÃtica a partir de dados conhecidos sobre as espÃcies em estudo, obedecendo a algum critÃrio de otimizaÃÃo. A abordagem dada a esse problema envolve duas etapas, a primeira, referente aos casos em que as filogenias sÃo perfeitas cujos procedimentos desenvolvidos serÃo utilizados na segunda etapa, quando deve ser criada uma tÃcnica de inferÃncia para a filogenia num caso geral. Essas tÃcnicas consideram de forma peculiar as hipÃteses sobre o processo de evoluÃÃo. Para muitas hipÃteses de interesse o problema se torna NP-DifÃcil, justificando-se o uso de mÃtodos de inferÃncia atravÃs de heurÃsticas, meta-heurÃsticas e algoritmos aproximativos. Nossa contribuiÃÃo neste trabalho consiste em apresentar uma tÃcnica de resoluÃÃo desse problema baseada em buscas locais com partidas mÃltiplas em vizinhanÃas diversificadas. Foi utilizada a programaÃÃo paralela para minimizar o tempo de execuÃÃo no processo de intensificaÃÃo da busca pela soluÃÃo Ãtima do problema. Desta forma, desenvolvemos um algoritmo para obter soluÃÃes aproximadas para um Problema da Filogenia, no caso, para inferir, a partir de matrizes de caracterÃsticas de vÃrias espÃcies, uma Ãrvore filogenÃtica que mais se aproxima da histÃria de sua evoluÃÃo. Uma estrutura de dados escolhida adequadamente aliada à manipulaÃÃo de dados em binÃrio em algumas rotinas facilitaram a simulaÃÃo e ilustraÃÃo dos testes realizados. InstÃncias com resultados conhecidos na literatura foram utilizadas para comprovar a performance do algoritmo. Esperamos com este trabalho despertar o interesse dos pesquisadores da Ãrea de ComputaÃÃo, consolidando, assim, o crescimento da BioinformÃtica.

ASSUNTO(S)

phylogeny, phylogenetic trees, computational biology, optimization, algorithms and heuristics. ciencia da computacao filogenia, Ãrvores filogenÃticas, biologia computacional, otimizaÃÃo combinatÃria, algoritmos e heurÃsticas.

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