Identificação de miRNAs e seus alvos no genoma da soja com o uso de abordagens computacionais

AUTOR(ES)
FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

20/06/2011

RESUMO

MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de ácido ribonucléico que não codificam proteína (non-coding ribonucleic acid - ncRNA), descobertas no início dos anos 1990, presentes em animais, plantas e vírus, as quais acreditava-se não possuir função no organismo. Porém, recentemente, descobriu-se que os miRNAs possuem papel regulatório na expressão gênica a nível pós-transcricional, fato que despertou grande interesse na comunidade científica. Na literatura, os trabalhos iniciais relacionados à identificação de miRNAs utilizavam técnicas experimentais. Porém, devido à grande quantidade de dados disponíveis para análise, abordagens computacionais começaram a ser utilizadas, destacando-se a busca por homologia e o uso de aprendizagem de máquina (técnica conhecida como ab initio). Em relação à identificação de miRNAs na soja, a literatura apresenta o uso de técnicas experimentais e da busca por homologia. Neste trabalho, foram identificadas na soja (Glycine max), três sequencias de pre-miRNAs de outras plantas através de buscas por homologia. Também foi desenvolvido um classificador com o uso do algoritmo de Máquina de Vetor de Suporte (Support Vector Machine - SVM) voltado para a predição de miRNAs em plantas e otimizado com técnicas de computação paralela. Este classificador foi utilizado a fim de investigar a existência de pre-miRNAs em 1205 sequências retiradas dos íntrons da soja, resultando em 160 possíveis sequências de pre-miRNA.

ASSUNTO(S)

inteligência artificial inteligência artificial - aplicações biológicas homologia (biologia) soja - Ácido ribonucléico bioinformática artificial intelligence artificial intelligence industrial applications soybeans ribonucleic acid bioinformatics homology (biology)

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