Recent developments in nucleic acid based techniques for use in rumen manipulation

AUTOR(ES)
FONTE

Revista Brasileira de Zootecnia

DATA DE PUBLICAÇÃO

2009-07

RESUMO

Metodologias baseadas na análise de ácidos nucléicos, que possam ser utilizadas para caracterizar comunidades microbianas complexas, sem a necessidade da incubação de amostras, têm sido empregadas atualmente, de forma rotineira, em estudos de nutrição de ruminantes. Os métodos convencionais, dependentes do cultivo microrganismos ruminais (bactérias, archaea, protozoarios e fungos) para sua enumeração foram superados e atualmente passaram a ser utilizados especialmente para o isolamento de cepas puras de organismos ainda desconhecidos e para o cultivo de cepas de referência, necessários para o desenvolvimento e a validação das metodologias de análise de ácidos nucléicos. Tais cepas de referência são também essenciais para estudos fisiológicos e ainda, funcionam como fontes de DNA e RNA para avaliação da expressão gênica. O fundamento das metodologias de ecologia molecular é a análise de sequências de 16S / 18S rDNA, que fornece um esquema de classificação de base filogenética, utilizado para a enumeração e identificação de membros de uma comunidade microbiana. O uso de marcadores de genes e estudos envolvendo o uso de sondas individuais de ácidos nucléicos ou de conjuntos de primers tem evoluído rapidamente para abordagens de alto desempenho ("high throughput"), como por exemplo analises de microsatélites e novas metodologias para sequenciamento. Entretanto, se por um lado tais métodos são muito úteis para a determinação da composição da microbiota e para o monitoramento de variações nos tamanhos das populações componentes, por outro lado, os mesmos apenas auxiliam na inferência das funções em relação à composição ou ao tamanho de determinada população. Portanto, o foco de pesquisas baseadas em metodologia de ácidos nucléicos esta mudando para a analise funcional de um ecossistema, o quê envolve a mensuração de genes funcionais e sua expressão nos membros predominantes ou, membros específicos da microbiota ruminal. Estudos da expressão gênica ainda são menos desenvolvidos do que aqueles de analise da microbiota baseada no rDNA. Além disso, existem problemas intrínsecos aos estudos de expressão gênica relacionados à extração de RNA de alta qualidade a partir da digesta, e também em relação ao processo da iniciação da síntese de cDNA a partir de mRNA bacteriano. Este artigo oferece uma revisão dos métodos moleculares baseados em ácidos nucléicos que foram desenvolvidos recentemente para estudos de estrutura e função da microbiota ruminal.

ASSUNTO(S)

análise funcional ecologia microbiana molecular ribosomal rúmen

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