Identificação e caracterização de minicírculos de Trypanosoma vivax (Zieman, 1905) através de geração e análise de GSS (Genome Sequence Survey) / Identification and characterization of minicircles of Trypanosoma vivax (Zieman, 1905) through generation and analysis of GSS (Genome Sequence Survey)

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2005

RESUMO

Trypanosoma vivax é um hemoparasita causador de doença em ruminantes, amplamente distribuído na África, principalmente nas áreas tropicais onde a mosca tsé-tsé é encontrada. Também encontrado em vários países da América do Sul, principalmente no Pantanal do Brasil e na Bolívia, o T. vivax é um parasita patogênico considerado de grande importância para grandes regiões agropecuárias da África e América do Sul. Estimam-se possíveis perdas econômicas de 160 milhões de dólares no Pantanal brasileiro e áreas inundáveis da Bolívia. Apesar da grande relevância econômica da doença causada por T. vivax, poucas pesquisas sobre sua caracterização foram realizadas até agora, comparado com tripanosomas que afetam a saúde humana como o T. brucei e T. cruzi, por exemplo, uma pesquisa no portal Entrez do NCBI (24/05/05) usando Trypanosoma vivax como palavra chave apresentou apenas 447, 27, 23 e 5 entradas disponíveis nas secções de PubMed, proteína, nucleotídeo e estrutura, respectivamente, mostrando o limitado conhecimento desta espécie. O diagnóstico das infecções por T. vivax continua sendo um desafio em função da baixa parasitemia observada na maioria das infecções, reforçando a importância da descoberta de novos marcadores para o desenvolvimento de ensaios mais sensíveis e espécie-específicos para o diagnóstico da infecção pelo T. vivax. Com o objetivo de gerar novos dados do genoma de T. vivax alçamos mão da geração e análise de GSS como uma técnica de descobertas de genes, focando especificamente na identificação de minicírculos. A partir de uma biblioteca genômica, foram obtidas 455 GSS de alta qualidade, equivalentes a 0,5% do genoma do parasita, que foi estimado ser em torno de 25 MB. Destas, foram obtidas 331 GSS-nr, das quais 108 seqüências tiveram uma similaridade significante com seqüências depositadas nos bancos de dados públicos, sendo classificadas em três categorias funcionais do GO: processo biológico, componente celular e função molecular, e 18 seqüências não apresentaram nenhuma similaridade com os bancos de dados utilizados neste estudo, sendo consideradas genes órfãos. No presente estudo, iniciadores foram desenhados para obtenção das seqüências de minicírculo de diferentes cepas de T. vivax, e testados quanto a sua sensibilidade. Durante todo o trabalho foram identificados 36 minicírculos, cada um apresentando apenas uma região conservada e os blocos de seqüência conservada (CSB), estimando-se o tamanho do minicírculo em torno de 480 pb.

ASSUNTO(S)

genetica molecular e de microorganismos trypanosoma vivax bioinformática genome sequence survey gss computational biology trypanosoma vivax

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