AnÃlise molecular da diversidade bacteriana de solos do cerrado utilizando bibliotecas rDNA 16S â uma perspectiva biotecnolÃgica

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DATA DE PUBLICAÇÃO

2005

RESUMO

O cerrado à o segundo maior bioma do Brasil, ocupando cerca de 200 milhÃes de hectares. Nas duas Ãltimas dÃcadas, o Cerrado tem sido progressivamente convertido em Ãreas de pastagem e agricultura. No entanto, poucos estudos sobre a diversidade microbiana de seus solos tÃm sido feitos e nÃo se sabe como sua conversÃo em Ãreas de pastagem tem impactado as comunidades microbianas de seus solos. O mÃtodo clÃssico de estudo da comunidade bacteriana à baseado na cacterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de organismos isolados e cultivados em laboratÃrio. No entanto, tem sido demonstrado que os organismos cultivados representam apenas uma pequena fraÃÃo da diversidade de espÃcies em comunidades microbianas. Para evitar este problema, uma abordagem molecular usando 16S rDNA foi utilizada na tentativa de identificar e descrever a diversidade bacteriana presente em solos de Cerrado stricto sensu e cerrado convertido para pastagem sem necessidade de isolamento e cultivo prÃvios. O solo do cerrado à Ãcido e possui altas concentraÃÃes de ferro e alumÃnio. Por este motivo, um protocolo para extraÃÃo direta de DNA de amostras de solo foi otimizado. ApÃs uma sÃrie de passos de purificaÃÃo para remoÃÃo de acidos hÃmicos e outros contaminantes, DNA de alta pureza foi obtido. Os parÃmetros da reaÃÃo em cadeia de polimerase (PCR) foram otimizadas para amplificaÃÃo de 16S rDNA utilizando dois pares de primers especÃficos para Eubacterium e outro par especÃfico para Archea. Os produtos de PCR foram clonados em vetores e quatro bibliotecas 16S rDNA foram geradas, sendo trÃs destas bibliotacas de Cerrado stricto sensu e uma de pastagem. Um total de 373 clones foram sequenciados e foi observado que os grupos bacterianos presentes, tanto em cerrado nativo, quanto em pastagem foram similares Ãqueles descritos em estudos de diversidade bacteriana de outras Ãreas. Representantes do grupo dos Actinomicetos foram muito freqÃentes em todas as bibliotecas, representando 15 a 30% das seqÃÃncias 16S rDNA. Outros grupos identificados foram de AcidobactÃrias e ProteobactÃrias. Foi observado o isolamento de um exemplar do reino Crenarchaeota, pertencente ao domÃnio Archea em solo de cerrado stricto sensu. As seqÃÃncias foram alinhadas e Ãrvores filogenÃticas foram construÃdas. A diversidade bacteriana dentro dos grandes grupos varia de cerrado stricto sensu para pastagem. Para explorar o potencial biotecnolÃgico dos microrganismos presentes no solo do cerrado, està sendo construÃda uma biblioteca metagenÃmica de expressÃo destes dois tipos de solo.

ASSUNTO(S)

solo metagenomics pasture pastagem metagenoma soil cerrado biologia molecular

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