Suffix Trees
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1. Perseus:uma nova técnica para tratar árvores de sufixo persistentes / Perseus: a novel technique to handle persistent suffix trees
Due to the technological advances in molecular biology laboratories, biological databases are extremely voluminous and tend to become more voluminous as data on new genome organisms are available. This introduces the challenge of searching nucleotide sequences efficiently. The suffix tree is an access method used for several applications that search for thes
Publicado em: 2009
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2. Um algoritmo para pesquisa aproximada de padrões baseado no método de Landau e Vishkin e uso de arranjos de sufixos para reduzir o uso de espaço / algorithmos; pattern matching; approximate pattern matching; dynamic programming; Landau; Vishkin; suffix trees;suffix arrays; LCA; LCE; RMQ
A pesquisa aproximada de padrões em um texto é um problema importante para a ciência da computação. A pesquisa de algoritmos eficientes para solucionar esse problema influencia o desenvolvimento de aplicações em áreas como biologia computacional e pesquisa textual em grandes massas de dados (como a web, por exemplo). Mas para o tratamento de volumes
Publicado em: 2006
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3. Ãndices Completos para Casamento de PadrÃes e InferÃncia de Motifs
Uma das maneiras mais eficientes (notadamente do ponto de vista computacional) empregada pela humanidade para a representaÃÃo da informaÃÃo tem sido atravÃs da forma de texto, ou seja, atravÃs de cadeias unimensionais de sÃmbolos (ou caracteres) tomados sobre conjuntos discretos finitos (ou alfabetos). As fecundas teorias, tÃcnicas e algoritmos desti
Publicado em: 2003
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4. Primer design for large scale sequencing.
We have developed PRIDE, a primer design program that automatically designs primers in single contigs or whole sequencing projects to extend the already known sequence and to double strand single-stranded regions. The program is fully integrated into the Staden package (GAP4) and accessible with a graphical user interface. PRIDE uses a fuzzy logic-based syst