Redes Genicas
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1. Dinâmica da Fermentação Alcóolica: Aplicação de Redes Booleanas na Dinâmica de Expressão Gênica em Linhagens de Saccharomyces Cerevisiae durante o Processo Fermentativo / Dynamics of alcoholic fermentation: application of Boolean networks in the dynamics of gene expression in Saccharomyces cerevisiae strains during fermentation process
Na busca por soluções que maximizem a produção de etanol, o melhoramento genético de diferentes linhagens de levedura tornou-se foco de investigação em diversos centros de pesquisa. Com o recente sequenciamento de uma linhagem selvagem utilizada nas usinas sucroalcooleiras brasileiras, a linhagem PE-2 da espécie Saccharomyces cerevisiae, surgiu o int
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 17/10/2012
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2. Pipeline para Análise In Sílico de Dados de Expressão de miRNAs e mRNAs em Células de Mamíferos. / Pipeline for in silico Analysis of miRNAs and mRNAs Expression Data in Mammals Cells.
Os microRNAs estão envolvidos no processo de regulação da expressão gênica da célula, onde a molécula de microRNA se liga com o RNA mensageiro interrompendo, assim, a expressão do respectivo gene pela interrupção da tradução. A bioinformática tem auxiliado na identificação de vários genes codificadores de microRNAs em plantas e animais, inclu
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 13/04/2012
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3. Interações gênicas usando redes booleanas limiarizadas modeladas como um problema de satisfação de restrições / Gene interactions using thresholded boolean networks modeled as a constraint satsfaction problem
As reações químicas que resultam da expressão de genes são complexas e ainda não são total- mente compreendidas. Sabe-se que os genes enviam, recebem, e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são totalmente conhecidas. Dessa forma, um problema importante é determinar como
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 03/04/2012
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4. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações / Gene expression complex networks: synthesis, identification, analysis and applications
Os avanços na pesquisa em biologia molecular e bioquímica permitiram o desenvolvimento de técnicas capazes de extrair informações moleculares de milhares de genes simultaneamente, como DNA Microarrays, SAGE e, mais recentemente RNA-Seq, gerando um volume massivo de dados biológicos. O mapeamento dos níveis de transcrição dos genes em larga escala é
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 21/02/2011
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5. Identificando redes gênicas a partir de dados de expressão de microarranjos.
Recentemente, iniciamos a implementação de uma metodologia de construção de redes de co-expressão baseada no algoritmo WGCNA (Zangh & Horvath, 2005), utilizando os dados de microarranjos gerados pela Rede Genômica Animal e os resultados têm sido promissores. Nossa proposta é implantar essa metodologia no pipeline de análise de dados de microarranjos
SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA. Publicado em: 2011
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6. Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica / Canalization: phenotype robustness as consequence of characteristics of the gene regulatory network
Em sistemas biológicos, o estudo da estabilidade das redes de regulação gênica é visto como uma contribuição importante que a Matemática pode proporcionar a pesquisas sobre câncer e outras doenças genéticas. Neste trabalho, utilizamos o conceito de ``canalizaçãocomo sinônimo de estabilidade em uma rede biológica. Como as características de um
Publicado em: 2011
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7. Análise transcriptômica em câncer do colo do útero. / Transcriptome analysis in cervical cancer
O câncer de colo do útero é o segundo tipo de câncer mais comum entre mulheres. Cerca de 80% dos casos ocorrem em países em desenvolvimento onde a maior parte são diagnosticados em estadios relativamente avançados. Os objetivos desse trabalho foram: (i) identificar um perfil de expressão gênica capaz de predizer a resposta ao tratamento, visto que,
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 29/07/2009
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8. Caracterização computacional de padrões estruturais em seqüências de DNA relacionadas a processos em redes metabólicas / Characterization computational of the structural patterns in DNA sequence related with metabolic pathways.
Nas últimas décadas, uma enorme quantidade de informação sobre o funcionamento de sistemas biológicos foram disponibilizadas em bancos de dados de acesso público. A Computação Aplicada à Biologia ou Bioinformática tem contribuído para análise computacional de dados biológicos cada vez mais ricos em informação. Neste contexto, este trabalho tem
Publicado em: 2009
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9. Caracterização computacional de padrões estruturais em seqüências de DNA relacionadas a processos em redes metabólicas / Characterization computational of the structural patterns in DNA sequence related with metabolic pathways.
Nas últimas décadas, uma enorme quantidade de informação sobre o funcionamento de sistemas biológicos foram disponibilizadas em bancos de dados de acesso público. A Computação Aplicada à Biologia ou Bioinformática tem contribuído para análise computacional de dados biológicos cada vez mais ricos em informação. Neste contexto, este trabalho tem
Publicado em: 2009
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10. Coeficientes de determinação, predição intrinsicamente multivariada e genética / Coefficient of determination, intrinsically multivariate and genetic prediction
Esta dissertação de mestrado tem como finalidade descrever o trabalho realizado em uma pesquisa que envolve a análise de expressões gênicas provenientes de microarrays com o objetivo de encontrar genes importantes em um organismo ou em uma determinada doença, como o câncer. Acreditamos que a descoberta desses genes, que chamamos aqui de genes de predi
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 21/12/2006
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11. Applications of bioinspired computing in bioinformatics : analyzing the role of genes and their interactions / Aplicações de computação bioinspirada em bioinformatica : investigando o papel dos genes e suas interações
This dissertation deals with genetic networks, the mechanism of control of gene activity in cells, under three different computational perspectives. Initially, as an engineering approach, a computational tool for inference of genetic networks is proposed, which is able to recover the static structure of these networks from experimental datasets. This systems
Publicado em: 2006
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12. Dimensionality reduction using mean conditional entropy applied for bioinformatics and image processing problems / "Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e de processamento de imagens"
Dimensionality reduction is a very important pattern recognition problem with many applications. Among the dimensionality reduction techniques, feature selection was the main focus of this research. In general, most dimensionality reduction methods that may be found in the literature privilegiate cases in which the data is linearly separable and with only tw
Publicado em: 2004