VNBLAST : sistema de gerenciamento do NETBLAST

AUTOR(ES)
FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

18/11/2011

RESUMO

O GenBank é um banco de dados público de sequências de nucleotídeos, atualmente gerido pelo NCBI - National Center for Biotechnology Information, que fornece mecanismos para o acesso e processamento de informações armazenadas. Uma forma de acesso às informações do GenBank é através da suíte BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para busca de similaridade local entre sequências genéticas. As informações do GenBank podem ser acessadas pelo website do NCBI ou localmente. O website NCBI BLAST é uma maneira fácil de encontrar sequências, mas impõe algumas limitações na parametrização da consulta, e pesquisas em lote de larga escala não estão disponíveis. Objetivando preencher esta lacuna, este trabalho irá apresentar a ferramenta VNBlast. O VNBlast é uma aplicação web amigável que tem como base o NetBlast do NCBI, que oferece um número substancial de parâmetros para a busca e alinhamento de sequências que são efetuadas diretamente no GenBank através de webservices, evitando a necessidade de download dos conjuntos de dados e apresentando como resultado informações constantemente atualizadas. O VNBlast foi capaz de executar alinhamentos de forma mais simplificada e intuitiva que o Netblast, apresentou maiores possibilidades de resultados que o site BLAST da NCBI, ofereceu mais parâmetros para busca direta que as ferramentas citadas e possibilitou a execução de buscas em lote.

ASSUNTO(S)

software - desenvolvimento ferramentas de busca na web bioinformática serviços da web gerenciamento de configurações de software software development web search engines bioinformatics web services software configuration management

ACESSO AO ARTIGO

Documentos Relacionados