Visualização de motivos protéicos em ambiente tridimensional / Visualization of protein motifs in a three-dimensional environment

AUTOR(ES)

Flávio Almeida Curvelo dos Anjos

FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

24/06/2009

RESUMO

A visualização em ambiente tridimensional de locais funcionais de proteínas conhecidos como motivos é uma importante ferramenta no auxílio do entendimento das funções de estruturas protéicas. Este trabalho tem como objetivo discutir os desafios e perspectivas na visualização de motivos protéicos em ambiente tridimensional através da idealização, desenvolvimento e implementação do MSProt - Viewer, um aplicativo com Licença Pública Geral (LPG) para os sistemas operacionais Windows e Linux. A metodologia empregada foi a programação pela linguagem C++ , a biblioteca para a programação tridimensional foi a OpenGL. Na programação da interface com o usuário foi utilizada a versão com a licença LGPL da biblioteca Qt versão 4.4.3. A interface gráfica do aplicativo Blender foi utilizada como parâmetro para a elaboração da interface do aplicativo. Foram utilizadas estruturas terciárias prontas fornecidas pela base de dados de estruturas tridimensionais de proteínas os modelos do banco de dados Protein Data Bank (PDB) e, como auxílio para as análises, o Structural Classification of Proteins (SCOP) e o Catalytic Site Atlas (CSA). Para a inclusão das funcionalidades do MSProt Viewer foram utilizados como parâmetro os aplicativos Pymol, Openrasmol e Visual Molecular Dynamics (VMD). Os resultados indicam que a visualização de motivos protéicos em ambiente tridimensional apresenta muitos desafios, pois não existem padrões para a modelagem de estruturas moleculares e a modelagem de certas regiões das superfícies dos motivos protéicos apresentam imperfeições. Concluímos que é necessária a implementação de algoritmos que possibilitem uma maior precisão e lisura nas superfícies de motivos protéicos para que os aplicativos de visualização em ambiente tridimensional, aliados à validação destas superfícies por técnicas de dinâmica molecular possam ser poderosas ferramentas de análise de motivos protéicos.

ASSUNTO(S)

proteínas motivos ambiente tridimensional aplicativo outros protein protein mofifs three-dimensional environment application

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