Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas.
AUTOR(ES)
HERAI, R. H.
FONTE
Campinas: EMBRAPA-CNPTIA
DATA DE PUBLICAÇÃO
2011
RESUMO
Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares que formam cada tipo de SR e uma representação gráfica para ilustrar sua relação em dois lócus gênicos.
ASSUNTO(S)
ferramenta web sequências repetitivas em lócus gênico bioinformática repgraph genômica web tool bioinformatics genomics
ACESSO AO ARTIGO
http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/661118Documentos Relacionados
- Sistema web para análise de curvas de progresso de doenças de plantas.
- Mobizoom : uma ferramenta baseada em zoom contínuo para visualização em páginas web em telefones celulares utilizando scalable vector graphics
- Mobizoom : uma ferramenta baseada em zoom contínuo para visualização em páginas web em telefones celulares utilizando scalable vector graphics
- Isolamento e caracterização de seqüências repetitivas em espécies silvestres de Arachis.
- Graphminer: uma ferramenta para visualização de dados em bancos de dados relacionais