Seleção genômica em populações simuladas / Genomic selection in simulated populations

AUTOR(ES)

Lidiane Gomes dos Santos

FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

02/12/2011

RESUMO

As vantagens potenciais da seleção assistida por marcadores (MAS) no melhoramento já foram muito discutidas e por alguns até desacreditadas, já que estas associações, marcador-característica, explicavam proporções muito modestas da variação total, não tendo impacto relevante no processo de melhoramento. Estas associações devem ser realizadas em escala genômica para que a seleção assistida possa efetivamente se materializar, e é isto que a seleção genômica se baseia. Sendo assim, a seleção genômica pode ser definida como a seleção simultânea para milhares de marcadores, que cobrem todo o genoma de uma forma tão densa que todos os genes deverão estar em desequilíbrio de ligação com pelo menos um dos marcadores. Metodologias para estimação de valores genéticos genômicos (GBV) foram apresentadas pela primeira vez por Meuwissenet al. (2001), por meio de um estudo com simulações de dados. A simulação de populações tem sido usada como ferramenta pelos geneticistas há muito tempo para verificar a eficiência de novas metodologias de estimação dos valores genéticos e a comparação de métodos de seleção. Foi utilizado neste trabalho dados simulados pelo programa GENESYS. A estrutura base do genoma foi composta por 31 cromossomos totalizando 1354cM de comprimento com 200 locos quantitativos (QTL) associados à característica de distribuição normal. Os genomas foram diferenciados pela distância entre os marcadores moleculares ao longo do genoma (1cM, 2cM e 4cM) e pelo valor da herdabilidade da característica (0,10; 0,30; 0;60). A característica foi definida com uma média fenotípica de 6,0 unidades e desvio padrão de 1,2 unidades. A seleção foi direcionada para o incremento do valor fenotípico. A taxa de mutação alélica foi de 1:1.000.000, os efeitos de ambiente seguiram distribuição normal e para simplificar foram considerados apenas os efeitos aditivos, desconsiderando qualquer efeito de dominância ou de epistasia e nenhum efeito fixo foi analisado. As comparações foram feitas dentro de cada herdabilidade. Foram realizados quatro estudos dentro de populações sob seleção genômica: i. Influência da densidade de marcadores; ii. Influência do número de descendentes; iii. Influência da intensidade de seleção, e; iv. Influência da seleção de fêmeas e acasalamentos direcionados. Apesar dos altos ganhos genéticos e por consequência altos valores fenotípicos os níveis de endogamia foram baixos, já que podemos ter aumentos nos ganhos genéticos quando aumentamos a intensidade ou quando aumentamos a acurácia, como é o caso da seleção genômica. Então, apenas com a melhoria da acurácia de seleção podemos obter melhora nas médias da população. Assim a seleção genômica seria um método adequado tanto para atender os objetivos a curto-prazo (aumento e sustentação do ΔG), quanto a longo-prazo (manutenção da variância genética). No que diz respeito aos limites de seleção, de modo geral, não houve um decréscimo no tempo total que as populações conseguiram responder à seleção. O tamanho efetivo, apesar de uma pequena diferença parece ter influenciado na determinação de alguns parâmetros.

ASSUNTO(S)

genetica intensidade de seleção densidade de marcadores snp snp density markers selection intensity

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