Population genomics and gene introgression in goat herds naturally adapted to Brazil

AUTOR(ES)
FONTE

Rev. Ciênc. Agron.

DATA DE PUBLICAÇÃO

04/07/2019

RESUMO

RESUMO Objetivou-se aplicar Chip SNP caprinos 50 K da Illumina para analisar a estrutura genômica populacional em dois rebanhos de caprinos Marota, um particular e outro de conservação oficial, localizados no Piauí, e na investigação de indícios de erosão genética provocada pela raça Anglonubiana nesses rebanhos. Para isso, 86 animais Marota e 10 Anglonubianos foram genotipados. A diversidade genética foi analisada comparando-se alelos de menor frequência (MAF) nos rebanhos. A estrutura populacional e diferenciação genética foram avaliadas utilizando-se abordagem bayesiana, análise de componentes principais (PCA) e o índice de fixação (FST). A diferenciação genética alta (FST = 0,16) foi observada na população Marota em relação à população Anglonubiana. O rebanho particular compartilhou maior número de SNPs fixados com o rebanho Anglonubiano (1024) do que o rebanho de conservação oficial (741). Os resultados da PCA, juntamente com os da análise do Structure, mostraram a presença de genes Anglonubianos nos rebanhos Marota. Logo, conclui-se que elevado nível de polimorfismo e diferenciação genética alta entre caprinos Marota e Anglonubianos caracterizam esses animais como fonte de diversidade genética para a caprinocultura da região; o Chip SNP caprino 50 K da Illumina mostra-se eficiente para análise de estrutura populacional em caprinos Marota; as tecnologias de microarranjos, análises do programa Structure e Análise de Componentes Principais se complementam para ampliar a capacidade de detecção de introgressão gênica em pequenas populações; há indício de introgressão gênica da raça Anglonubiana nos rebanhos de caprinos Marota analisados.ABSTRACT The aim of this study was to apply the Illumina 50 K goat SNP Chip to analyse population genomic structure in two herds of Marota goats in the State of Piauí, one private and the other an official conservation herd, and to investigate evidence of genetic erosion in these herds caused by the Anglo-Nubian goat. To that end, 86 Marota and 10 Anglo-Nubian animals were genotyped. Genetic diversity was analysed by comparing minor allele frequency (MAF) in the herds. Population structure and genetic differentiation were evaluated using a Bayesian approach, principal component analysis (PCA) and the fixation index (FST). High genetic differentiation (FST = 0.16) was seen in the Marota population in relation to the Anglo-Nubian. The private herd shared a greater number of fixed SNPs with the herd of Anglo-Nubians (1024) than did the conservation herd (741). The results of the PCA, together with those from the analysis carried out using the Structure software, showed the presence of Anglo-Nubian genes in the Marota herds. It can therefore be concluded that the high level of polymorphism and high genetic differentiation between Marota and Anglo-Nubian goats characterise these animals as a source of genetic diversity for goat farming in the region; the Illumina 50 K goat SNP Chip is efficient in population structure analysis in Marota goats; microarray technology, analysis using the Structure software, and Principal Component Analysis complement each other in expanding the ability to detect gene introgression in small populations; there is evidence of the introgression of Anglo-Nubian genes in the herds of Marota goats under analysis.

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