Paralelizando o MOPAC usando CUDA e bibliotecas de Matrizes Esparsas

AUTOR(ES)

Carlos Peixoto Mangueira Junior

FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

23/03/2012

RESUMO

Este trabalho apresenta a implementação de algoritmos paralelos cujo objetivo principal é acelerar a execução de cálculos numéricos existentes em programas de Química Quântica. Estes programas utilizam alguns métodos cuja ordem de complexidade varia entre O(n3) e O(n5), onde o parâmetro n está relacionado à quantidade de átomos de uma molécula. Isto se torna um fator limitante quando se quer trabalhar com sistemas moleculares contendo milhares de átomos, como por exemplo, proteínas, DNA e polissacarídeos. É explorado tanto o paralelismo proporcionado pelas placas gráficas e pelo modelo de programação CUDA como também são utilizadas bibliotecas para manipulação de matrizes esparsas, que são comuns nestes cálculos. Os resultados obtidos demonstram ganhos superiores a 100% para as instâncias testes.

ASSUNTO(S)

ciencia da computacao informática

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