Isolamento e caracterizaÃÃo tradicional e molecular por ARDRA e DGGE da microbiota associada ao cafà despolpado ( Coffea arabica L.)

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DATA DE PUBLICAÇÃO

2009

RESUMO

BactÃrias, leveduras e fungos filamentosos sÃo isolados durante praticamente todas as etapas de processamento do cafÃ. Treze amostras de Coffea arabica L. foram coletadas durante as diferentes etapas de processamento do cafà despolpado de uma fazenda no Sul de Minas Gerais. Os isolados bacterianos e leveduriformes foram identificados por AnÃlise de RestriÃÃo de DNA Ribossomal Amplificado (ARDRA) e anÃlise de sequenciamento da regiÃo 16-23S do rDNA (bactÃrias) e ITS1-5.8S do rDNA (leveduras). Os fungos filamentosos foram identificados atravÃs de anÃlises das caracterÃsticas macro e microscÃpicas das colÃnias. Eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) do produto de PCR das regiÃes rRNA 18S e rRNA 16S foi realizada para analisar as comunidades de leveduras e bactÃrias. Contagens de bactÃrias, leveduras e fungos filamentosos foram na ordem de 4,7 x 103 a 1 x 107 UFC/g, 2,3 x 103 a 7,5 x 106 UFC/g, 1 x 102 a 5,5 x 103 UFC/g, respectivamente. AtravÃs do ARDRA da regiÃo 16-23S do rDNA foram obtidos 16 padrÃes de fragmentos de restriÃÃo distintos correspondentes a 16 espÃcies distintas de bactÃrias. Bacillus subtillis, Escherichia coli, Enterobacter agglomerans, Bacillus cereus e Klebsiella pneumoniae foram as bactÃrias predominantes durante o processamento do cafÃ. Lactococcus lactis, Serratia sp., Acinetobacter spp e Bacillus megaterium foram isoladas em meios de cultivo, mas nÃo detectadas por anÃlise de DGGE das mesmas amostras. Todas as espÃcies detectadas por DGGE foram tambÃm isoladas por cultivo, com exceÃÃo da bactÃria nÃo cultivÃvel. AtravÃs do ARDRA da regiÃo ITS1-5.8S do rDNA foram obtidos 15 padrÃes de fragmentos de restriÃÃo distintos correspondentes a 14 espÃcies distintas de leveduras. Pichia anomala foi presente em todas as amostras, com contagens na ordem de 103 a 106 UFC/g. Torulaspora delbrueckii e Rhodotorula mucilaginosa tambÃm foram leveduras predominantes durante o processamento do cafÃ. Algumas espÃcies de leveduras como Candida ernobii, C. fukuyamaensis, Pichia caribbica, C. membraniefaciens, Saccharomyces bayanus e Arxula sp. foram isoladas em meios de cultivo, mas nÃo detectadas nas anÃlises de DGGE das mesmas amostras. Todas as espÃcies de leveduras detectadas por DGGE foram tambÃm isoladas por cultivo. Dentre os fungos filamentosos identificados o gÃnero Aspergillus foi o de maior incidÃncia, seguido pelos gÃneros Penicillium sp., Fusarium sp.e Cladosporium. Houve boa correlaÃÃo entre as espÃcies encontradas por isolamento em meio de cultivo e sequenciamento e os perfis de DGGE obtidos, tanto para bactÃrias quanto para leveduras; no entanto as tÃcnicas moleculares precisam estar associadas Ãs tÃcnicas tradicionais a fim de se obter melhor caracterizaÃÃo da microbiota presente.

ASSUNTO(S)

ciencia de alimentos ardra dgge cafà despolpado microrganismos

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