Identificação, isolamento e caracterização de bactérias de solo de cerrado pertencentes ao filo acidobactéria

AUTOR(ES)
FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

27/06/2012

RESUMO

O solo do bioma Cerrado apresenta uma comunidade microbiana pouco estudada, mas estudos metagenômicos revelaram a presença de Acidobacteria em quatro de suas diferentes fitofisionomias. Embora sequências do gene do RNAr 16S destas bactérias sejam encontradas em amostras de todo o mundo, existem, ao todo, apenas 14 espécies descritas, sendo pouco conhecido sobre sua fisiologia e seu papel no ambiente. No presente trabalho, um meio utilizado para isolamento de Acidobacteria em solo australiano foi testado para cultivar acidobactérias de solo de Cerrado. O solo obtido de reserva do IBGE foi utilizado em experimentos preliminares e demonstrou que em meio VL55 com xilana, quando comparado ao meio R2A, o surgimento das colônias é lento e há uma maior variabilidade na morfologia das colônias. Além disso, mostrou também que a melhor diluição foi a de 10-6, assim como a necessidade de adição de ciclohexamida para inibir crescimento de fungos. Solos de três locais diferentes da Fazenda Capão Comprido foram utilizados para o isolamento de acidobactéria, e apenas o meio VL55 foi utilizado. Inicialmente foi utilizada, a técnica de plate wash PCR, onde todas as colônias de uma placa réplica são ressuspendidas e tem seu DNA extraído e submetido a PCR com iniciador específico para observar a presença de Acidobacteria. A presença de fungos impediu o isolamento subsequente das acidobactérias das amostras utilizadas com esta técnica. Outra técnica de detecção testada foi a de colony PCR, na qual cada colônia coletada é utilizada diretamente como template para PCR. Essa técnica permitiu a detecção de 19 acidobactérias de um total de 159 colônias submetidas à PCR com iniciador específico. Apenas cinco isolados permaneceram em cultura e a análise das sequências do gene RNAr 16S sugere que sejam novas espécies de Acidobacteria. Os isolados AB20, AB23 e AB 60 apresentam colônias semelhantes entre si sendo diferentes dos isolados AB39 e AB158, embora a análise filogenética das sequências mostre o isolado AB158 dentro do grupo de AB20, AB23 e AB60. Todos os isolados são capazes de utilizar glicose, extrato de levedura e xilana. Quitina, CMC e avicel também foram testadas, mas o resultado não foi conclusivo. O crescimento a 37oC foi analisado nos isolados AB20, AB23 e AB60 e somente o isolado AB23 apresentou crescimento. O isolado AB60 foi testado quanto à variação de pH e ocorreu crescimento em pH 4.5 e 5.5, não sendo observado em 6.5 e o tempo de crescimento em meio líquido foi menor do que o observado em placa. A microscopia mostrou que todos os isolados são Gram-negativos, tendo alguns dos isolados formatos de bacilo ou cocobacilo. Foi realizada também análise do perfil proteico dos isolados por meio de espectrometria de massa MALDI TOF e visualmente, é possível afirmar que os isolados são diferentes entre si. Os resultados obtidos neste trabalho não foram capazes de diferenciar os isolados, exceto pela espectrometria de massa. Embora a análise filogenética utilizando-se a sequencia do RNAr 16S mostre que essas bactérias sejam novas espécies, mais testes bioquímicos são necessários para a confirmação.

ASSUNTO(S)

bactérias solo cerrados biotecnologia genetica acidobacteria cerrado soil bacteria xylan maldi-tof

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