Identificação de microssatélites para o mamoeiro por meio da exploração do banco de dados de DNA

AUTOR(ES)

Oliveira, Eder Jorge de, Dantas, Jorge Luiz Loyola, Castellen, Milene da Silva, Machado, Marlos Dourado

FONTE

Revista Brasileira de Fruticultura

DATA DE PUBLICAÇÃO

2008-09

RESUMO

Os marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papaya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank / NCBI (National Center of Biotechnoloy Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As seqüências foram obtidas no GenBank / NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Seqüências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 seqüências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compostos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de seqüências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas seqüências disponíveis, o genoma do mamoeiro apresenta, em média, um microssatélite a cada 5,65 kb.

ASSUNTO(S)

marcador molecular carica papaya l. ssr genbank

Documentos Relacionados

• Paternidade em caprinos por meio de microssatélites de DNA
• O trabalho com dado e banco de dados: considerações por meio de uma teoria enunciativa da linguagem
• Distância genética em caprinos naturalizados por meio de microssatélites de DNA.
• Identificação de duplicatas em acessos de mandioca coletados na Região Norte do Brasil por meio de marcadores microssatélites
• Identificação de linhagens de tilápia-do-nilo e seus híbridos cultivados no Brasil por meio de marcadores microssatélites