Gene expression study in citrus using linear models / Estudo de expressão gênica em citros utilizando modelos lineares

AUTOR(ES)

Diógenes Ferreira Filho

DATA DE PUBLICAÇÃO

2010

RESUMO

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados.

ASSUNTO(S)

frutas cítricas - experimentos empirical bayes method macroarray fdr modelos lineares. fixed linear model inferência bayesiana bioconductor dna - análise microarray expressão gênica limma package. software r citrus

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