Comparação da acurácia de predições genômicas através de gerações usando métodos paramétricos e semi paramétricos

AUTOR(ES)

Atefi, Abbas, Shadparvar, Abdol Ahad, Hossein-Zadeh, Navid Ghavi

FONTE

Acta Sci., Anim. Sci.

DATA DE PUBLICAÇÃO

2016-12

RESUMO

RESUMO. A acurácia da predição genômica foi comparada através de três métodos paramétricos e semi-paramétricos, que incluíram BayesA, LASSO Bayesiano e regressão RKHS (Reproducing Kernel Hilbert Spaces) sob vários níveis de hereditariedade (0,15; 0,3 e 0,45), números diferentes de marcadores (500, 750 e 1000) e intervalos de geração de conjuntos de validação. Uma população histórica de 1000 indivíduos com igual proporção sexual foi simulada por 1000 gerações, em tamanho constante. Ela foi seguida por 100 gerações adicionais com redução gradual de tamanho para 500 indivíduos na 200ª geração. Indivíduos da geração 200 foram cruzados aleatoriamente por mais 10 gerações aplicando-se tamanho de ninhada de 5, para expansão da geração histórica. Por fim, uma seleção de 50 machos e 500 fêmeas da geração 210 foram cruzados aleatoriamente, resultando em mais 10 gerações de população recente. Indivíduos nascidos na geração 211 foram considerados como o conjunto de treinamento, enquanto o conjunto de validação foi composto por indivíduos da geração 213, 215 ou 217. O genoma foi composto por um cromossomo de 100cM de comprimento portando 50 QTLs. Não houve diferença significativa entre a acurácia dos métodos investigados (p > 0,05); porém, dentre os três métodos, a maior média de acurácia (0,659) foi observada em BayesA. Com o aumento da hereditariedade, a média da acurácia de seleção genômica aumentou de 0,53 para 0,75 (p < 0,0 5). O número de SNPs afetou a acurácia, visto que seu valor aumentou com o aumento de SNPs; assim, a maior acurácia foi verificada para número de casos de SNPs=1000. Com o afastamento do conjunto de validação, a acurácia diminuiu e a redução mais pronunciada foi observada para o caso de baixa hereditariedade. A redução da acurácia através de gerações foi afetada pela densidade do marcador, mas foi independente dos métodos investigados.

ASSUNTO(S)

acurácia genômica métodos semi paramétricos arquitetura genética

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