Associação genômica usando o método Bayes C para características importantes na produção leiteira em Gado Holandês na Colômbia.

AUTOR(ES)

Flórez, Juan Carlos Rincón, Herrera, Albeiro López, Zuluaga, Jose Julián Echeverri

FONTE

Acta Sci., Anim. Sci.

DATA DE PUBLICAÇÃO

11/06/2018

RESUMO

RESUMO. O Objetivo deste estudo foi determinar a associação genômica entre os marcadores do chip bovino LD (LD BeadChip) com características importantes na produção de leite. Foram utilizadas informações do programa de melhoramento genético da Universidade Nacional de Colômbia. BLUP-EBVs foram utilizados para a produção de leite (DY), porcentagem de gordura (FP), porcentagem de proteína (PP) e escore de células somáticas (SCS). 150 animais foram selecionados para extração de DNA do sangue ou sêmen e genotipados com o chip BovineLD (Illumina). A informação autossômica foi mantida e a edição da informação foi executada usando o programa Plink v1.07. Os efeitos dos SNPs foram determinados por Bayes C com o programa GS3. A frequência do alelo menor para a maioria dos marcadores no chip foi alta, o que aumenta a probabilidade de encontrar locos importantes segregando na população. As estimativas da fração de marcadores, com efeito, foram próximas de zero em quase todas as situações. Os marcadores mais importantes foram mapeados com ENSEMBL. Um total de 6510 SNPs autossômicos foram preservados, dos quais apenas uma proporção foi tomada com efeito a partir da função mista de Bayes C. Para cada característica foram encontrados genes importantes, como ANKS1B, CLCN1, NMBR e CTSD, para AL, FP, PP e SCS, respectivamente. Finalmente, a estimativa de Bayes-C permitiu a identificação de SNPs com possível associação com QTLs.

ASSUNTO(S)

gado leiteiro gwas, qtls polimorfismo de nucleotídeo único

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