Análise dos coeficientes de endogamia e de parentesco para qualquer nível de ploidia usando o pacote estatístico R
AUTOR(ES)
Peternelli, Luiz Alexandre, Ferreira, Fábio Medeiros, Rocha, Rodrigo Barros, Barros, Willian Silva, Barbosa, Márcio Henrique Pereira
FONTE
Bragantia
DATA DE PUBLICAÇÃO
2009
RESUMO
São poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (F X) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (rXY) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados. Adicionalmente, foram incluidas funções que servem para identificar erros de redundância dos dados originais (checar.nomes()) e para identificar os pares de indivíduos com rXY superior a certo limite especificado pelo pesquisador (corte.rxy()). Essas funções podem ser usadas na análise de pedigrees com um número elevado de indivíduos e poderão ser utilizadas pela comunidade científica livremente, sem restrições à plataforma operacional utilizada. Destaca-se a vantagem em se poder trabalhar com qualquer nível 2k de ploidia, mesmo quando existe a possibilidade de certo indivíduo ser oriundo de autofecundação, aspecto comum em várias espécies vegetais.
ASSUNTO(S)
genética de populações poliplóides análise de pedigree
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