Análise de similaridade entre sequências dos genes do HIV-1 e o Genoma Humano / Analysis of similarity between the sequences of genes of HIV-1 and Human Genome

AUTOR(ES)

Juliana Galinskas

DATA DE PUBLICAÇÃO

2010

RESUMO

Os genes virais podem ter origens celulares ou não. Eles podem ter sido reunidos durante a evolução, sendo que cada um pode corresponder a uma origem distinta. A similaridade entre sequências genéticas sugerem homologia e, portanto, um parentesco evolutivo. O presente estudo tem como objetivo identificar regiões de similaridade, com suporte estatístico confiável, entre o genoma do HIV-1 e o genoma humano a partir da análise comparativa entre sequências de DNA, por meio do programa BLAST. Também é de nosso interesse desenvolver uma metodologia que permita comparar sequências genéticas de diversos organismos, de forma que a similaridade possa ser quantificada. Para realizar as comparações entre as sequências genéticas, é utilizada a ferramenta BLASTn (versão 2.2.20) e um banco de dados local composto pelos cromossomos humanos. Python (versão 5.1.30) é utilizada para o processamento das sequências, e a análise dos dados é feita utilizando a linguagem estruturada de consulta SQL (Structured Query Language). O genoma humano é comparado com: sequências dos genes do HIV-1, sequências de genes do vírus do mosaico do tabaco (controle negativo biológico), trechos de cromossomos da Macaca mulatta (controle positivo biológico) e sequências aleatórias (controle negativo não biológico). O presente estudo demonstra diferenças entre os genes do HIV-1 e a região LTR. Alguns genes demonstram maior similaridade com o genoma humano do que outros, de acordo com a análise da curva do fitting. Ao verificar a curva obtida a partir de E-values muito baixos, observa-se que todos os genes do HIV-1 apresentam curva não linear do tipo y = a0 . xa1, onde a0 e a1 são parâmetros obtidos a partir de ajuste numérico. O método é validado utilizando dados do genoma da Macaca mulatta, pelo qual é observada alta similaridade com o genoma humano. A partir desta validação é possível construir três diferentes grupos de genes do HIV-1 de acordo com o valor de a1, onde: os genes env, gag, nef, pol, rev, tat e vif apresentam valores de a1 idênticos, o gene vpr um valor mais baixo e o gene vpu um valor bem mais alto.

ASSUNTO(S)

hiv-1 genoma humano imunogenetica hiv-1 human genome

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