An efficient algorithm for large-scale detection of protein families

AUTOR(ES)
FONTE

Oxford University Press

RESUMO

Detection of protein families in large databases is one of the principal research objectives in structural and functional genomics. Protein family classification can significantly contribute to the delineation of functional diversity of homologous proteins, the prediction of function based on domain architecture or the presence of sequence motifs as well as comparative genomics, providing valuable evolutionary insights. We present a novel approach called TRIBE-MCL for rapid and accurate clustering of protein sequences into families. The method relies on the Markov cluster (MCL) algorithm for the assignment of proteins into families based on precomputed sequence similarity information. This novel approach does not suffer from the problems that normally hinder other protein sequence clustering algorithms, such as the presence of multi-domain proteins, promiscuous domains and fragmented proteins. The method has been rigorously tested and validated on a number of very large databases, including SwissProt, InterPro, SCOP and the draft human genome. Our results indicate that the method is ideally suited to the rapid and accurate detection of protein families on a large scale. The method has been used to detect and categorise protein families within the draft human genome and the resulting families have been used to annotate a large proportion of human proteins.

Documentos Relacionados

TCC Pronto e Gratuito? Sério mesmo? Você acredita em almoço de graça? Comprar um TCC Pronto? Fazer o Próprio TCC? Você ainda tem dúvidas como essas? Você PRECISA ver este Artigo com Urgência! Neste artigo você encontrará: TCC Pronto e Gratuito Comprar TCC Pronto É só me corrigir se eu estiver errado, mas as pessoas Adoram Atalhos, certo? O problema é que, muitas vezes, ATALHOS São ARMADILHAS DISFARÇADAS. Então, se você quer Fugir das Armadilhas e quer saber a Verdade sobre TCC Pronto, TCC Pronto e Ler artigo

Que tal aprender, de uma vez por todas, como fazer uma Justificativa de TCC, aplicando a poderosa técnica do Roteiro de Consequências? É impressionante! O quê? A técnica do Roteiro de Consequências? Sim. Ela também. E você vai conhecer essa técnica no vídeo deste artigo e vai ver Como Fazer a Justificativa do TCC com base em 2 exemplos simples e práticos. Para você, finalmente, deixar a sua Justificativa de TCC pronta! Mas, primeiro, eu preciso dizer: É impressionante! Como a Justificativa é um ponto Ler artigo

Uma Monografia Pronta em 5 Passos? Veja como isso é possível AGORA! Seu TCC é uma Monografia?… hum… como é que eu vou te dizer isso… o gato subiu no telhado… Tô Brincando! Mas eu tenho uma boa e uma má notícia para te dar. Qual você quer primeiro?… bom, não vai dar para esperar você responder, então, vou começar pela ruim mesmo: a monografia é o modelo de TCC que mais tem volume de conteúdo, principalmente se a gente comparar com um artigo científico, por exemplo. Ler artigo

Se você quer aprender Como Fazer Citações para o TCC de forma fácil e não ser acusado de plágio, então, recomendo fortemente que leia esse artigo até o final… E não se esqueça de assistir o vídeo logo abaixo! Imagina só… você fez todo o seu TCC, está aliviado, radiante, tirou um peso das costas… aí, PAH! Seu orientador diz que o seu trabalho tem Plágio e, por isso, vai ser reprovado. Não!!!! Aí vai uma notícia que talvez você não saiba, SE VOCÊ FEZ Ler artigo

Como fazer TCC? Nas últimas semanas tenho visto milhares de alunos com dificuldades, sem saber o que fazer, que simplesmente ficam parados na frente do computador e não conseguem escrever uma única palavra sequer. Neste texto, nós vamos ver como mudar essa situação de uma vez por todas! Alguns alunos me mandam e-mails perguntando Como Fazer TCC passo a passo. Bom, em primeiro lugar, essa é uma dificuldade muito comum, vivida por 99,9% dos alunos de faculdades no Brasil e no mundo! Os outros 0,01% Ler artigo