Alinhamento múltiplo de proteínas via algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados. / Multiple proteins alignment by genetic algorithms based on abstract data types.

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2008

RESUMO

Este trabalho apresenta um novo modelo capaz de realizar o alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados, denominado GAADT, no qual o cromossomo se dispõe em genes que por sua vez é composto de unidades elementares denominadas bases. Cada cromossomo representa um possível alinhamento entre as seqüências de proteínas e a adaptação do cromossomo é calculada conforme as bases se dispõem no alinhamento. O modelo se difere de outros métodos de alinhamento múltiplo por alinhar as seqüências como um todo, avaliando as colunas (genes) que compõem o alinhamento (cromossomo), ao invés de alinhar seqüências duas a duas progressivamente ou hierarquicamente. As potenciais características do modelo dizem respeito a estrutura de dados organizada, operações genéticas bem definidas sobre os tipos modelados e a convergência para uma solução próxima às encontradas por outras ferramentas, apesar desse algoritmo usar uma quantidade menor de conhecimento frente aos algoritmos existentes. A justificativa de que o modelo é válido foi realizada analisando sua performance com alinhamentos referência, utilizando como estudo de caso um subgrupo de famílias de proteínas.

ASSUNTO(S)

algoritmos genético genetic algorithms ciencia da computacao população abstract data types population cromossomos chromosome tipos abstratos de dados

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