Alinhamento de seqüências biológicas com o uso de algoritmos genéticos.
AUTOR(ES)
Sabrina Oliveira Ogata
DATA DE PUBLICAÇÃO
2005
RESUMO
A comparação de seqüências de genomas de organismos é uma das aplicações computacionais mais utilizadas por biólogos moleculares. Esta operação serve de suporte para outros processos como, por exemplo, a determinação da estrutura tridimensional de proteínas. Durante os últimos anos, tem- se observado uma grande expansão na utilização de Algoritmos Evolutivos, especialmente Algoritmos Genéticos (AGs), para problemas de otimização, como os de alinhamento de seqüências de dna e proteínas. Os AGs são técnicas de busca inspiradas em mecanismos de seleção natural e da genética. Neste trabalho, um AG foi utilizado para o desenvolvimento de uma ferramenta computacional para o problema de alinhamento de pares de seqüências. Uma comparação foi realizada com o uso da ferramenta bl2seq (do pacote de ferramentas Blast) afim de se checar a desempenho do AG. Utilizou- se para isso seqüências de diversos tamanhos e graus de similaridade. Os resultados demonstraram alguns casos específicos onde o AG superou a ferramenta bl2seq. A principal contribuição deste trabalho está na área de Bioinformática, com o emprego de uma nova metodologia, que posteriormente possa ser utilizada como mais uma opção para análises de seqüências em projetos genomas e para refinamento dos resultados obtidos por outras ferramentas usualmente utilizadas, como o Blast.
ASSUNTO(S)
algoritmos genéticos genética processamento de dados pairwise alignment bioinformatics genetic algorithms genetica bioinformática alinhamento de seqüências
ACESSO AO ARTIGO
http://www.bdtd.ufscar.br/htdocs/tedeSimplificado//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=555Documentos Relacionados
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