A simple low-cost simulation protocol for approximate localization of structural water molecules in DNA oligonucleotides

AUTOR(ES)

Neder, Amarílis de V. Finageiv, Oliveira Neto, Marçal de

FONTE

Journal of the Brazilian Chemical Society

DATA DE PUBLICAÇÃO

2005-06

RESUMO

Utilizando um protocolo combinado de mecânica e dinâmica molecular, de baixo custo computacional, empregando-se a expressão e os parâmetros do campo de força OPLS-AA, foi possível reproduzir as principais características da primeira camada de hidratação de hetero-oligonucleotídeos de DNA em duplas hélices na conformação A (1DPL) e B (1DPN e 1ENN), conforme descrições cristalográficas com resolução atômica; nosso protocolo também reproduziu satisfatoriamente as características das primeiras camadas de hidratação de homo-oligonucleotídeos de DNA na conformação B [(AT)12 e (CG)12] obtidas em simulações por dinâmica molecular empregando-se protocolos mais longos e mais sofisticados. Um modelo preliminar da primeira camada de hidratação de oligonucleotídeos poderia ser útil para aqueles interessados em proceder cálculos mecânico-quânticos em sistemas cujas características de hidratação são desconhecidas em nível molecular ou, ainda, para refinamento de estruturas cristalográficas por comparação com padrões de difração experimentais.

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