16S-23S rDNA: polimorfismos e sua aplicação na detecção e identificação de linhagens de Xylella fastidiosa

AUTOR(ES)

Martinati, Juliana Camargo, Pacheco, Flávia Tereza Hansen, Miranda, Vitor Fernandes Oliveira de, Tsai, Siu Mui

FONTE

Brazilian Journal of Microbiology

DATA DE PUBLICAÇÃO

2007-03

RESUMO

Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros (café, uva, amêndoa, ameixa, etc.) foram caracterizados analisando as sequências de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S (ITS). Os métodos atuais para o sequenciamento da região ITS produzem fragmentos parciais das sequências que não contribuem com informações significantes. Em vista disso, novos primers foram desenhados a fim de obter uma sequência completa e facilitar o sequenciamento. A sequencia completa da região ITS de 08 linhagens de X. Fastidiosa foram amplificadas via PCR, sequenciadas e comparadas com outras 52 sequencias depositadas no GenBank. Os resultados revelaram um alto nível de variação sendo maior que os níveis encontrados quando se utiliza o gene 16S para este tipo de análise, com valores variando entre 0.79 a 1.00. O dendograma baseado em dados de similaridade agrupou as linhagens de X. fastidiosa em 5 grupos principais. Duas sequencias codificadoras de tRNA's foram encontradas (tRNAala e tRNAile) e mostram-se conservadas entre as linhagens analisadas com pouca diferença entre a composição nucleotídica.

ASSUNTO(S)

diversidade genética 16s-23s rdna espaço intergênico identificação detecção

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