A Bioinformatica Teses
Mostrando 1-12 de 18 artigos, teses e dissertações.
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1. Escore de incerteza em bancos de dados categóricos
We have been witnessing a signicant growth in the volume of biological data, in particular biomolecular data that are stored in databases such as Genbank, KOGG SCOP, PDB, and Uniprot, which are made available through the internet and have been causing a major impact in research and development activities. Such growth is explained by the development of novel
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 01/12/2011
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2. HydroPaCe: uma metodologia para análise de inibição cruzada em serino proteases através de centroides de regiões hidrofóbicas
Interfaces of protein-protein interactions contain important information about molecular recognition. This work aims at the discovery of conserved patterns in this region. We believe it is essential to understand how substrates and inhibitors are bound and for predicting molecular binding. When an inhibitor binds to enzymes with different structures, sequenc
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 19/11/2011
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3. Modelagem e análise de sistemas de transporte de íons em membranas celulares usando verificação de modelos
Recentemente há um interesse crescente na aplicação da Verificação Probabilística de Modelos (PMC) na especificação formal e análise de sistemas biológicos. PMC é uma técnica que permite uma exploração exaustiva do conjunto de estados de um sistema estocástico e pode fornecer visões valiosas do seu comportamento que são mais difíceis de se
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 27/07/2011
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4. Análise da expressão gênica em Trypanosoma cruzi em resposta à radiação ionizante pela técnica de microarranjo de DNA
Entre os vários tipos de danos causados pela radiação ionizante, as lesões de maior importância biológica são as quebras de fita dupla de DNA. A tolerância a esse tipo de dano requer um eficiente aparato de reconhecimento e reparo de lesões e tais características definem o grau de resistência dos vários organismos a este tipo de estresse. O Trypa
Publicado em: 2011
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5. Uso da álgebra linear para análise de similaridades e extração de padrões em sequências protéicas
Extrair padrões de dados de seqüências de proteínas é um dos desafios da Biologia Computacional. Neste trabalho, é apresentada uma metodologia que usa técnicas de Álgebra Linear, Estatística e Otimização para a análise de sequências primárias de proteínas. Inicialmente, cada sequência é transformada num vetor de frequências de peptídeos de
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 23/11/2010
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6. Utilização de ferramentas computacionais para o estudo do impacto funcional e estrutural de nsSNPs em genes codificadores de proteínas
Os polimorfismos de base única (SNPs) são a forma mais comum de variação na sequência de DNA entre humanos, e têm o potencial de afetar a função gênica, principalmente quando estão localizados em regiões codificadoras ou regulatórias. Dentre os diferentes tipos de SNPs, acredita-se que os SNPs não-sinônimos (nsSNPs) têm o maior impacto na fun�
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 25/06/2010
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7. SIGLa:: um LIMS baseado em workflows adaptáveis com suporte a múltiplos laboratórios
The need to manage large amounts of data is a demand for laboratories. The use of Laboratory Information Management Systems (LIMS) to achieve this is increasing continuously. A LIMS is a complex computational system used to manage laboratory data with emphasis in quality assurance. Several LIMS are available currently. However, most of them have proprietary
Publicado em: 2010
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8. Algoritmos Imunoinspirados aplicados em segurança computacional: utilização de algoritmos inspirados no sistema imune para detecção de intrusos em redes de computadores
A evolução da Internet e a contínua interconexão de computadores e outros dispositivos digitais têm criado uma série de oportunidades nas mais diversas áreas de atuação humana. Entretanto, esse processo trouxe consigo uma série de problemas, entre eles o crescente número de sistemas computacionais invadidos por intrusos. O trabalho aqui apresentad
Publicado em: 2009
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9. Identificação, classificação e anotação de enzimas desubiquitinadoras e ubiquitina-símile em Trypanosoma cruzi
O sequenciamento do genoma de Leishmania major, Trypanosoma cruzi e T. brucei mostrou que cada genoma contém entre 8300-1200 genes que codificam proteínas, dos quais aproximadamente 6500 são comuns entre estas espécies. Neste estudo nós focamos a busca nos bancos de dados de tripanossomatídeos por proteínas envolvidas com o metabolismo de ubiquitina.
Publicado em: 2009
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10. Mineração de texto, agrupamento de seqüências e integração de dados para o desenvolvimento da Plant Defense Mechanisms Database
Este trabalho visa descrever as tecnologias utilizadas para o desenvolvimento da base de dados Plant Defense Mechanisms, uma base de dados sobre mecanismos de defesa em plantas contra estresse biótico e abiótico. Para isso desenvolvemos o programa LAITOR para identificar as coocorrências de nomes de proteínas e estímulos abióticos (biointities) na lite
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 26/05/2008
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11. Protein cutoff scanning: aplicação da varredura exaustiva de distâncias inter-resíduos na análise de contatos intracadeia em proteínas globulares
Neste trabalho foi feita uma análise comparativa entre duas metodologias clássicas no estudo de contatos em proteínas: a dependente de um delimitador de distância (CD - Cutoff Dependent) e outra que não é dependente de um delimitador, a decomposição de Delaunay (DT Delaunay Tessellation). Essas técnicas foram avaliadas usando-se duas formas diferent
Publicado em: 2008
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12. Classificação estrutural de famílias de proteínas com base em mas de contatos.
The objective of this work was to verify if it is possible to classify protein chain structures using only the chemical interactions between its residues. Through contact maps and using three different metrics based on image processing techniques we have showed that we are able to classify such structures in families of similar structure and function with pr
Publicado em: 2008